La historia de la ciudad de Llanquihue data del año 1852 cuando se asentaron en la zona los primeros colonos alemanes quienes habilitaron un puerto para comunicarse con Puerto Varas.
La idea de radicar familias de origen alemán en el sur de Chile ya se había considerado en el siglo XVI. Por motivos imposibles en esos tiempos, esta enorme tarea de conquistar y colonizar estas apartadas e inhóspitas regiones se postergó.
Un joven oficial alemán de nombre Bernardo Eunom Phillippi fue quién inició esta tarea de colonización. En 1841 llegó por primera vez a Valdivia, siguió a Osorno y viajó después a Chiloé.
A través de los habitantes nativos de la zona fue informado que en el interior existía un gran lago, el Lago Llanquihue. Uno de los principales deseos de Phillippi era conocer este misterioso lago y explorar sus alrededores. Luego de conocer la zona, el oficial alemán se convenció que había descubierto un inmenso lugar apto para su proyecto de colonización. Sin embargo, no recibe del Gobierno una resolución favorable y definitiva.
En 1850 el Gobierno nombra como agente de Colonización a Vicente Pérez Rosales, quien de inmediato se lanzó en su difícil tarea. Emprendió excursiones con el objeto de informarse personalmente sobre las condiciones de las tierras disponibles. Mientras tanto, llegaban periódicamente barcos con colonos.
Después de muchos esfuerzos, y pese a las adversas condiciones que se presentaron, lograron las primeras familias de colonos alemanes establecerse en las riberas del Lago Llanquihue.
Por decreto del 23 de junio de 1853 el Gobierno dispuso que todo el territorio alrededor del Lago Llanquihue fuera considerado zona de colonización. Con el esfuerzo y tesón de estos primeros colonos, bosques impenetrables se transformaron en florecientes campos productivos.
El establecimiento de industrias, comercio, instituciones de enseñanza y culturales y otras actividades han contribuido a dar auge y progreso a la zona del Lago Llanquihue.
En 1968 se crea el Municipio y se desarrollan pujantes plantas agroindustriales que procesan lácteos y otros productos.
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